其差异主要体现在如下几个方面：

　　研究对象不同。自然科学的研究对象是整个自然界的物质现象，即自然界物质的各种类型、状态、属性及运动形式。

而社会科学的研究对象是人类社会关系(包括人与物质关系)的现象，主要涉及对人类社会的形态、结构、性质及发生、发展规律等的探讨。二者的根本区别在于有无人的直接参与。

自然物质现象是相对确定的，而社会关系现象具有不确定性；自然科学通常是客观的，且严防主观意识参与到研究之中，而社会科学通常是主观的，社会科学的研究更多地受到研究主体的态度和意识影响。

自然科学与社会科学研究对象的不同，造成了二者在研究目的、研究领域、研究方法等方面均具有较大差异。

　　研究目的不同。自然科学的研究目的在于揭示物质世界发生的现象以及物质现象发生过程的实质，进而把握这些现象和过程的规律性，以便解读它们，并预见新的现象和过程，为在实践中合理而有目的地利用自然界的规律开辟各种可能的途径。

而社会科学的研究目的在于探索人类社会的组织与结构、体制与关系、过程与变化、功能与效率、秩序与规范，为社会的有序管理、高效运作提供知识、理论与手段。

　　研究领域不同。自然科学是研究大自然中有机或无机的物质事物和现象的科学，包括物理学、化学、生物学、天文学等基础科学和医学、农学、气象学、材料学等应用科学。

而社会科学所涵盖的学科包括经济学、政治学、法学、伦理学、历史学、社会学、心理学、教育学、管理学、人类学、民俗学、新闻学、传播学等。

　　研究方法不同。自然科学是理性程度最高的科学，自然科学研究注重真实反映自然界的客观事实、客观规律及客观原因，并在从客观来源获取论据的基础上使用公理化方法，因此，自然科学研究方法的客观程度较高；

相对于自然科学，社会科学的研究方法由于人为意识参与其中，客观性较弱而主观性更强。自然科学的研究方式主要是实验和逻辑推理，实验需要控制或者再造自然现象发生和变化的条件和变量，这对于自然科学家来说，在一定程度上是可行的；而与自然科学相比，社会现象的研究很少可以在纯粹实验的情形下进行，因此，比较研究就成为了社会科学研究的主要方式。

自然科学研究注重数据的分析，日益完善的数学理论和不断进步的计算机技术使得这样的分析变得非常精确；社会科学也对调查数据进行分析，并且形成了很多的分析软件，但由于不是所有关于社会现象的数据的后面都能标记单位，所以这些数据并不都具有严格的数学含义，分析结果的精确性也因此而受到了影响。